Boa tarde, Marcel,
O tema que você trouxe é bastante relevante e envolve uma discussão que gerou muita controvérsia nos últimos anos, então vale entender bem como as coisas funcionam na prática.
Primeiro, é importante separar duas situações distintas que costumam gerar confusão: a exclusão do ICMS da base de cálculo do PIS e da COFINS, que é uma coisa, e o crédito de ICMS na entrada de mercadorias, que é outra completamente diferente.
Sobre a exclusão do ICMS da base de cálculo do PIS/COFINS
Essa é a discussão mais famosa, conhecida como o "Tema 69" do Supremo Tribunal Federal, julgado em 2017. O STF decidiu que o ICMS não compõe a base de cálculo do PIS e da COFINS, porque o imposto estadual não representa receita da empresa, e sim um valor que ela apenas transita e repassa ao Estado. Com base nessa decisão, as empresas passaram a ter o direito de excluir o ICMS destacado nas notas fiscais de saída da base de cálculo dessas contribuições.
Portanto, sim, o ICMS destacado na nota fiscal de venda deve ser excluído da receita bruta para fins de apuração de PIS e COFINS. Isso se aplica tanto para empresas no regime não cumulativo (Lucro Real) quanto para as do regime cumulativo (Lucro Presumido).
Na prática, a sistemática funciona assim: você apura a receita bruta total de vendas e, antes de aplicar as alíquotas de PIS e COFINS, deduz o valor do ICMS que foi destacado nessas notas fiscais de saída. O resultado é a base de cálculo efetiva sobre a qual incidem as contribuições.
Sobre o crédito de ICMS na entrada
Aqui é onde muitos confundem. Quando uma empresa do comércio compra mercadorias para revenda e o fornecedor destaca ICMS na nota fiscal de entrada, esse crédito de ICMS pertence ao sistema de apuração do próprio ICMS, e não interfere diretamente na base de cálculo do PIS e da COFINS.
No regime não cumulativo do PIS e da COFINS, os créditos são calculados com base no valor total das entradas de bens para revenda, sem descontar o ICMS. Ou seja, você toma crédito de PIS e COFINS sobre o valor cheio da nota de entrada, incluindo o ICMS que está embutido no custo da mercadoria.
E o ICMS-ST, especificamente?
No caso do ICMS por substituição tributária, a situação tem uma particularidade importante. O STF, ao julgar o Tema 69, deixou claro que o ICMS a ser excluído da base do PIS e da COFINS é aquele destacado na nota fiscal, ou seja, o ICMS próprio do emitente. O ICMS-ST, que é recolhido antecipadamente pelo substituto tributário em nome do substituído, gerou debate sobre se também poderia ser excluído.
A Receita Federal, por meio de soluções de consulta, tem entendido que o ICMS-ST retido pelo substituto também pode ser excluído da base de cálculo do PIS e da COFINS pelo substituído, desde que o valor seja demonstrável e esteja relacionado às suas operações de venda. Algumas decisões administrativas e judiciais têm reconhecido esse direito, mas é um tema que ainda demanda atenção, pois pode exigir ação judicial ou consulta formal dependendo do caso.
Em resumo, o caminho correto na apuração é excluir o ICMS da base de cálculo das contribuições, o que reduz o valor sobre o qual PIS e COFINS incidem, e tratar o crédito de ICMS na entrada dentro da escrituração do ICMS, separadamente. Se a empresa ainda não faz essa exclusão do ICMS da base do PIS e da COFINS, vale analisar a possibilidade de recuperar os valores pagos a maior nos últimos cinco anos, que é o prazo prescricional para essa tese.