Olá Lana, tudo bem?
O Funrural é devido mesmo quando a comercialização é de pessoa física para pessoa física.
Não basta apenas fazer o Livro Caixa e recolher o Carnê-Leão, porque esses instrumentos tratam apenas do IRPF. O Funrural é uma contribuição previdenciária distinta, que deve ser recolhida pelo produtor rural vendedor nesses casos.
Se a venda for para uma empresa (PJ), ela é a responsável pela retenção; se for para outra pessoa física, o próprio produtor recolhe via GPS, até o dia 20 do mês seguinte à venda.
Portanto, mesmo com Livro Caixa e Carnê-Leão, o Funrural deve ser calculado e recolhido separadamente.
Espero ter ajudado.