Olá Natalia, boa tarde.
Se a filial no Rio de Janeiro realizar uma compra e transferir para a matriz em Minas Gerais, o recolhimento do DIFAL não seria aplicável, considerando que ambas são optantes pelo Simples Nacional e estão realizando uma operação interna entre filiais da mesma empresa. No entanto, é importante estar atento a qualquer mudança na legislação que possa afetar essa interpretação no futuro.
Espero ter ajudado