Olá José
Na venda a consumidor final não há incidência de ICMS-ST, pois essa é a última operação da cadeia, ela paga normalmente o DAS do Simples Nacional.
Na venda para outras lanchonetes a figura muda, pois existe mais uma operação antes de chegar ao consumidor final e como o produto é ST, precisa ser recolhido. Nesse caso, a lanchonete vendedora torna-se substituta tributária. Se estiver obrigada por protocolo ou convênio estadual, deve sim destacar e recolher o ICMS-ST na própria NF.
O MEI não pode ser substituto tributário ativo, por isso, não pode destacar ICMS-ST em nota. O correto seria que o comprador recolhesse o diferencial de alíquota (DIFAL), ou o fornecedor anterior, se for o caso.
Já a ME, pode ser substituto tributário, desde que a legislação estadual o obrigue.Se o estado assim definir, a ME do Simples deve apurar e recolher ICMS-ST via GARE ou DARE, fora do DAS.
Espero ter ajudado.