Olá Nilsilene
O ICMS-ST não pode ser cobrado automaticamente pelo fornecedor. Para que o fornecedor de São Paulo destaque e recolha ICMS-ST, é necessário existir Convênio ou Protocolo ICMS entre SP e PA para esses produtos específicos. Se não houver acordo, o fornecedor deve destacar apenas o ICMS interestadual, e, se o Estado do Pará exigir substituição tributária ou antecipação, o recolhimento é obrigação do destinatário no PA, e não do fornecedor.
Quanto à diferença de valores, o correto é que o valor do boleto seja igual ao valor total da NF-e. Se o boleto foi pago antes e a nota veio com valor maior por causa do ICMS-ST, isso indica erro fiscal ou comercial, salvo se o imposto já tivesse sido informado previamente. Portanto, ou a nota foi emitida de forma incorreta com ICMS-ST indevido, ou o imposto é devido pelo destinatário via antecipação no PA. É necessário verificar os NCMs e a legislação vigente do Pará para confirmar.
Espero ter ajudado.