Bom dia, Taian, tudo bem?
Se a compra for feita pela filial em SC, a empresa vendedora normalmente não cobra ICMS-ST, pois a operação ocorre dentro do mesmo estado. Na sequência, ao transferir a mercadoria da filial SC para a matriz no PR, a responsabilidade pelo recolhimento da ST pode surgir, dependendo se o produto tem substituição tributária prevista para esse trajeto.
A transferência entre filiais não descaracteriza a operação para fins de ST, e em alguns estados, a obrigação do ICMS-ST pode ser exigida na entrada no destino, mesmo em transferência.
Por isso, recomendo consultar a legislação de ICMS de SC e PR e uma consultoria tributária especializada, como IOB e Econet, pois essas regras variam bastante entre os estados e produtos.
Espero ter ajudado!