Olá Leonardo, tudo bem?
Se tratando de empresa do regime normal de apuração, entendo que sim, será devido o destaque de ICMS na transferência interestadual. (RICMS/SC, Art. 3º, Inciso I)
Do Momento da Ocorrência do Fato Gerador
Art. 3º Considera-se ocorrido o fato gerador do imposto no momento:
I - da saída de mercadoria de estabelecimento de contribuinte, ainda que para outro estabelecimento do mesmo titular;
https://legislacao.sef.sc.gov.br/html/regulamentos/icms/ricms_01_00.htm
Mas, caso a empresa seja optante pelo Simples Nacional, não haverá tributação na transferência, por não se tratar de operação com faturamento para a empresa.
Espero ter ajudado!