Olá Lidiane, tudo bem?
Sua dúvida é muito válida, o ICMS-ST realmente gera confusão, principalmente quando há modificação no produto antes da venda.
Como a empresa está no Simples Nacional e altera os produtos (como corte de vidro, colocação de acessórios), entendemos que o correto é verificar a legislação do estado envolvido na operação. Cada estado trata o ICMS-ST de forma diferente, inclusive no que diz respeito à restituição ou exigência da ST.
Se houver ICMS-ST retido ou devido, a DeSTDA precisa ser entregue, mesmo para empresas do Simples.
Mas, sugiro consultar a legislação do estado e também fontes como Econet ou IOB, que explicam bem essas situações com base no estado do contribuinte.
Espero ter ajudado!