Olá Manoela, tudo bem?
Parabéns pela aprovação no CRC!
Sobre a sua dúvida, se os contratos de aluguel estão no CPF do sócio, a tributação deve ocorrer na pessoa física, mesmo que a empresa tenha o CNAE de imobiliária. Para tributar esses aluguéis na pessoa jurídica, é necessário que os contratos estejam em nome da empresa e que ela atue formalmente como locadora ou administradora dos imóveis. Caso os valores entrem na conta da empresa, mas os contratos estejam no CPF, isso pode gerar problemas fiscais e caracterizar omissão de receita ou confusão patrimonial. O ideal seria transferir os contratos para o CNPJ, se houver essa possibilidade legal, e registrar corretamente a receita na contabilidade da empresa.
Espero ter ajudado!