Olá Beatriz, tudo bem?
Você deve somar todos os aluguéis recebidos diretamente no CPF para verificar se há obrigação de recolher o IR via Carnê-Leão. Caso ultrapasse o valor de isenção o valor do imposto deverá ser recolhido mensalmente, aplicando as deduções permitidas, como despesas de manutenção, IPTU e taxas de administração. O recolhimento não pode ser deixado apenas para a declaração anual, sob risco de multa e juros. Já o imóvel administrado por imobiliária, que sofre retenção de IR na fonte, não entra no Carnê-Leão, mas deve ser informado na declaração anual. Dessa forma, o correto é calcular e recolher mensalmente o IR sobre todos os aluguéis recebidos no CPF, enquanto os valores retidos na fonte são apenas declarados.
Espero ter ajudado.