Olá, bom dia!
Normalmente, quando o transporte interestadual é iniciado em São Paulo e o tomador do serviço é contribuinte do ICMS, também estabelecido em São Paulo, a responsabilidade pelo pagamento do ICMS do frete geralmente é atribuída ao transportador, mas pode haver a substituição tributária dependendo do caso.
Sugiro verificar juntamente ao Fisco estadual, a fim de ter uma orientação com respaldo, e evitar problemas futuros.
Espero ter ajudado.