Olá Ana Paula, tudo bem?
Sobre a primeira dúvida: quando insumos são adquiridos e remetidos (mesmo que por terceiros) para industrialização por encomenda, o encomendante é equiparado a industrial, devendo recolher o ICMS, ICMS-ST (se houver) e o IPI.
Quanto ao CNAE correto para enquadramento da empresa, isso vai depender da atividade efetivamente exercida pelo seu cliente. Uma boa prática que sempre recomendo, é consultar o site do Concla/IBGE https://concla.ibge.gov.br/busca-online-cnae.html, onde você encontrará a descrição detalhada de cada atividade. Assim, fica mais fácil avaliar qual classificação se aplica à operação do seu cliente.
Espero ter ajudado.