Olá João
Para um cliente que já possui Inscrição Estadual ativa e deseja atuar como e-commerce, o procedimento correto é realizar alteração cadastral junto à SEFAZ do Estado onde a inscrição está vinculada, e não abrir nova inscrição. Inicialmente, deve-se verificar se o CNAE da empresa contempla comércio eletrônico; caso não contemple, é necessária alteração contratual para inclusão do CNAE correspondente. Em seguida, deve-se acessar o portal da SEFAZ estadual ou o sistema de peticionamento eletrônico da UF para solicitar a alteração de atividade/regime cadastral, informando que a empresa passará a operar com comércio eletrônico, mantendo a mesma inscrição estadual. Algumas SEFAZ permitem a alteração de forma automática; outras exigem requerimento formal com anexação de documentos societários e procuração. Após o deferimento, é necessário atualizar o cadastro no REGIN, ajustar os sistemas de emissão de NF-e, revisar CFOPs, verificar a aplicação de ICMS-ST conforme os produtos comercializados e adequar as obrigações acessórias (EFD ICMS/IPI, DFe, etc.). Como os procedimentos variam por UF, recomenda-se confirmar as regras específicas na legislação estadual vigente.
Espero ter ajudado.