Olá Elaine
Se o MEI emite nota fiscal de R$ 1.000,00 para o cliente final, ele está declarando que essa é a receita dele, independentemente de posteriormente devolver R$ 800,00 para a empresa intermediadora. Nota fiscal deve refletir a realidade jurídica da operação, não apenas o fluxo financeiro. Portanto, ele não pode “deduzir” os R$ 800,00 na própria nota como se fosse abatimento de intermediação.
Se a empresa X é apenas intermediadora e fica com R$ 200,00 de comissão, o modelo mais coerente seria: a empresa X emitir nota de R$ 1.000,00 ao cliente e pagar R$ 800,00 ao MEI, que emitiria nota nesse valor para a empresa X. Do jeito descrito, a receita do MEI é considerada R$ 1.000,00, e a devolução dos R$ 800,00 é apenas um repasse posterior, não uma dedução fiscal automática.
Espero ter ajudado.