Olá Karine
Nessa situação, colocar a empresa PJ como intermediária pode sim gerar custos e complicações. A empresa PJ poderia ser vista como a real contratante do serviço, o que poderia resultar em obrigações trabalhistas e previdenciárias. O ideal seria que o MEI emitisse a nota diretamente para a Pessoa Física, sem envolver a empresa PJ na operação. Isso evitaria possíveis problemas fiscais e trabalhistas para a empresa.
Espero ter ajudado.