Boa tarde, Gabriele,
Sobre a sua situação, o procedimento mais correto é retificar e não simplesmente ajustar no encerramento do exercício. Explico o motivo.
O que aconteceu na prática foi uma compensação feita por conta própria, sem passar pelo PER/DCOMP. Isso não é permitido para tributos federais administrados pela Receita Federal. A compensação de tributos federais só produz efeitos legais quando declarada formalmente por meio do PER/DCOMP, conforme o artigo 74 da Lei 9.430/1996 e a IN RFB 2.055/2021. Ao simplesmente descontar o valor pago a maior em abril do DARF de maio, a empresa fez uma compensação informal, que não tem amparo legal, mesmo que o resultado financeiro pareça correto.
Isso gera dois problemas concretos. O primeiro é que a DCTFWeb de maio foi entregue com o valor de débito menor do que o efetivamente devido pela estimativa daquele mês. A DCTFWeb precisa refletir o valor real do tributo devido, calculado com base na receita e nos acréscimos do período, e não o valor líquido após um abatimento que não foi formalizado. O segundo problema é que, como o valor de maio não foi pago integralmente até o vencimento, existe uma diferença em aberto desde então, sujeita a juros de mora pela taxa Selic e multa de mora, mesmo que a empresa tenha um crédito de abril que cubra essa diferença.
O fato de a empresa estar sem pendências na Situação Fiscal neste momento não significa que a situação esteja regularizada. Isso normalmente indica apenas que a malha ainda não cruzou os valores declarados na DCTFWeb com os pagamentos efetivamente feitos, ou que o cruzamento ainda não gerou cobrança automática. O risco de autuação continua existindo enquanto a diferença não for corrigida da forma correta.
O caminho recomendado é o seguinte. Primeiro, retificar a DCTFWeb de maio para que o valor declarado corresponda ao total efetivamente devido pela estimativa daquele mês, sem o abatimento do crédito de abril. Segundo, apurar a diferença entre o que foi pago em maio e o que era realmente devido, e regularizar essa diferença. Aqui existem duas formas de fazer isso, e a escolha depende de como vocês querem tratar o crédito de abril: pagar a diferença de maio em DARF complementar, com os juros e a multa de mora calculados desde o vencimento original até a data do pagamento, e depois pedir a restituição do valor pago a maior em abril por meio de PER/DCOMP, ou utilizar o próprio PER/DCOMP para compensar o crédito de abril contra o débito em aberto de maio. Nesse segundo caso, é importante ter em mente que a extinção do débito pela compensação só ocorre na data da transmissão da declaração de compensação, e não retroage à data do vencimento original. Isso quer dizer que, mesmo compensando pelo PER/DCOMP, ainda vai incidir multa e juros de mora sobre o período entre o vencimento de maio e a data em que o PER/DCOMP for transmitido.
Vale reforçar que o crédito de abril, para poder ser usado em compensação ou restituição, também precisa estar formalizado. Isso é feito por meio da própria DCTFWeb de abril, que já está correta ao mostrar o valor efetivamente pago, e do PER/DCOMP, que vai vincular esse pagamento a maior ao crédito disponível para compensação.
Deixar a situação como está e esperar o encerramento do exercício não resolve o problema, porque a divergência entre o valor devido e o valor declarado em maio permanece em aberto durante todo esse período, acumulando juros e sujeitando a empresa a uma eventual autuação por parte da Receita Federal, além de a DCTFWeb já ter sido entregue com uma informação que não reflete o tributo realmente devido naquele mês.