Olá Camila
A nota fiscal deverá ser emitida pelo valor bruto contratado dos serviços, sem deduzir as retenções. A dedução ocorre apenas no momento do pagamento, para fins de recolhimento do tributo. E a retenção deve deve ocorrer no momento do pagamento, crédito ou entrega dos valores, ainda que não tenha havido a emissão da nota fiscal.
Espero ter ajudado.