Olá Luana
O ISS, em regra, é devido no local do estabelecimento prestador (no seu caso, São Paulo/SP). Mas existem situações em que o ISS deve ser recolhido no município onde o serviço é efetivamente prestado ou concluído. Isso ocorre em alguns serviços listados no art. 3º da LC 116/2003.
Recomendo identifique o código de serviço (item da lista da LC 116/2003). Veja se ele está nas exceções do art. 3º. Se estiver o ISS é devido no local da prestação (retenção pelo tomador). Se não estiver o ISS é devido no domicílio do prestador (São Paulo).
No PGDAS-D, informe eventual retenção para não pagar em duplicidade.
Resumindo, a regra é São Paulo, mas se for exceção, vale o município onde ocorreu o serviço.
Espero ter ajudado.