Olá Wanderleia, boa noite.
No caso de uma empresa optante pelo Simples Nacional que presta serviços para outro município, a retenção do ISS na nota fiscal depende da legislação municipal do local onde o serviço é prestado. Normalmente, o ISS é de competência do município onde o serviço é realizado, e algumas cidades podem exigir que o ISS seja retido pelo tomador do serviço.
Para o CNAE 3321-0/00, que se refere à instalação de máquinas e equipamentos industriais, se a legislação do município onde o serviço foi prestado determinar a retenção do ISS pelo tomador, então a empresa prestadora do serviço deve observar essa regra. No entanto, se o sistema de emissão de nota fiscal não permite a retenção, pode ser um indicativo de que, para esse caso específico, a retenção não é aplicável.
Espero ter ajudado!