Você pode ir na opção de DARF do Imposto que o documento de arrecadação será emitido com as devidas correções e atualizações monetárias.
Quando você emitir o Recibo de entrega, devem ser geradas três páginas. Na última você terá um novo DARF. Este refere-se à Multa pela entrega em atraso.
Vale lembrar que o DARF do imposto apurado e o DARF da multa por atraso na entrega são documentos distintos.
Espero ter ajudado.
