Olá Danielle
Essa regra não aplica automaticamente a presunção maior após o faturamento do primeiro trimestre. O limite de R$ 5 milhões é anual, mas deve ser proporcionalizado ao longo dos trimestres.
Na prática, deve comparar a receita acumulada até cada trimestre com o limite acumulado proporcional. Somente quando a receita acumulada no ano ultrapassar esse limite, a presunção majorada em 10% passa a ser aplicada, apenas sobre a parcela excedente e nos trimestres seguintes.
Portanto, não se divide o limite de R$ 5 milhões em partes fixas e independentes para cada trimestre, nem se aplica a presunção maior logo após ultrapassar R$ 1,25 milhão em um único período. O correto é avaliar de forma cumulativa o faturamento do ano-calendário e aplicar a majoração somente a partir do momento em que o total acumulado superar o limite anual proporcional.
Espero ter ajudado.