Olá Marcela
Depende. Emitir MDF-e em nome próprio (da empresa de comércio) sem ser transportadora ou sem constar como responsável legal pelo transporte pode caracterizar emissão indevida de documento fiscal.
O MDF-e deve ser emitido pelo transportador quando o transporte é feito por transportadora contratada) ou pelo próprio remetente, apenas se ele for o responsável direto pelo transporte quando usa veículo próprio ou contratado em nome da empresa para entregar a mercadoria ao cliente.
Se a empresa apenas intermedia o transporte, ou seja, repassa o valor ao freteiro e não executa o serviço, ela não deve emitir o MDF-e, pois não é a transportadora nem o responsável pelo transporte.
Espero ter ajudado.