Olá Maria
Na migração do Simples Nacional para o Lucro Real, a emissão de notas fiscais sem a devida parametrização deve ser tratada como erro formal e material, exigindo correção técnica imediata. Primeiramente, é necessário confirmar a data efetiva de saída do Simples e identificar todas as notas emitidas incorretamente (com CSOSN, sem destaque de ICMS, com PIS/COFINS tratados como Simples ou ISS indevido). Se o erro for apenas cadastral, sem impacto em valores ou impostos, pode-se utilizar Carta de Correção Eletrônica; porém, se houver ausência de destaque de tributos (principalmente ICMS), a correção deve ser feita por Nota Fiscal Complementar, referenciando a nota original.
Para PIS e COFINS, não há correção por CC-e ou nota complementar: a regularização ocorre via EFD-Contribuições, com apuração correta no regime não cumulativo e recolhimento dos DARFs com multa e juros, se houver atraso. No caso de ISS, a correção depende da legislação municipal, podendo envolver cancelamento, substituição da nota ou guia complementar.
Em paralelo, todas as obrigações acessórias (EFD ICMS/IPI, EFD-Contribuições e DCTF/DCTFWeb) devem ser ajustadas ou retificadas para refletir os valores corretos. Por fim, é essencial documentar formalmente a falha do sistema (chamados, e-mails, prints) para resguardar o contador, e efetuar os recolhimentos antes de qualquer ação fiscal, reduzindo riscos de autuação e penalidades.
Espero ter ajudado.