Olá Daniel
Quando a empresa foi desenquadrada do Simples Nacional em 31/12/2024 e passou a ser Lucro Presumido em 2025 o cenário de obrigações acessórias mudou.
A regra da Receita Federal nos diz que, a DCTFWeb sem movimento deve ser transmitida no primeiro mês em que não houver fatos geradores, ou seja:
Out/2024 - você já enviou sem movimento
Dez/2024 - desenquadramento do Simples, mas ainda não havia fatos geradores
Jan/2025 - como há mudança de regime, é necessário enviar novamente a DCTFWeb sem movimento, para marcar o início do período no novo enquadramento.
Ou seja, sim, você precisa enviar em janeiro/2025, mesmo sem movimento.
O fato de não ter enviado as declarações entre 11/2024 e 07/2025 não gera problema, desde que Jan/2025 tenha entregado corretamente sem movimento.
Espero ter ajudado.