Olá Miriam
Você está correta. Quando uma empresa migra para o lucro presumido durante o ano, como no seu caso, a partir de setembro/2025, o cálculo do adicional de IRPJ deve considerar apenas o período em que ela esteve no regime do lucro presumido.
Você não deve usar os R$ 60.000,00 do trimestre completo, pois a empresa só esteve no lucro presumido em setembro. O cálculo proporcional ao período de permanência no regime é o correto.
Espero ter ajudado.