Olá Sabrina, tudo bem?
Emitir nota fiscal complementar com valor zero não está previsto como prática correta na legislação do ICMS, nem nas normas do SPED ICMS/IPI. A nota complementar tem a função de corrigir valores faltantes ou errados, sempre com valor efetivo a ser ajustado. Quando o valor é zero, não há o que complementar, e emitir essa nota pode gerar inconsistências fiscais e contábeis.
Além disso, a escrituração no SPED ICMS/IPI deve refletir operações reais e tributáveis. Notas com valor zero normalmente não devem ser escrituradas porque não representam movimentação econômica.
Portanto, emitir nota complementar com valor zero e escriturá-la no SPED ICMS/IPI, entendo que não é procedimento adequado.
Porém, como detalhes e orientações podem variar de estado para estado, recomendo que consulte diretamente a Secretaria da Fazenda do seu estado para confirmar o procedimento correto e evitar problemas futuros.
Espero ter ajudado!