Olá, Cristiane! Tudo bem?
Pelo que entendi, trata-se de prestação de serviços de transportador autônomo (pessoa física) para a empresa, correto?
Nesses casos, mesmo que o autônomo tenha emitido Nota Fiscal Avulsa pela Prefeitura, com ISS já destacado, isso não dispensa as obrigações previdenciárias da empresa tomadora.
A legislação previdenciária considera que o transportador autônomo tem como salário de contribuição 20% do valor bruto do frete, e sobre essa base a empresa deve:
Elaborar RPA (a nota avulsa não substitui o RPA);
Descontar 11% de INSS do autônomo;
Recolher 20% de INSS patronal;
Recolher 2,5% de SEST/SENAT (1,5% + 1%).
Tudo isso calculado sobre 20% do valor total do frete.
Espero ter ajudado.