Olá Josiele, tudo bem?
Quando a agência de turismo vende um pacote, ela não é quem presta todos os serviços do pacote (como hotel, passagem, passeios). Então, ela não deve emitir uma nota fiscal cobrando o valor total do pacote com impostos, porque esse valor não é todo dela.
O que a agência faz é emitir uma nota fiscal somente sobre a comissão que ela ganha por vender esse pacote. Essa comissão é o valor que a agência realmente recebe e que deve ser tributado.
Os fornecedores desses serviços (hotel, companhia aérea, etc.) são os responsáveis por emitir suas próprias notas fiscais, cada um pelo seu serviço.
Então, resumindo: a agência não deve colocar o valor total do pacote na nota fiscal com impostos, só a comissão dela.
Espero ter ajudado!