Olá, Julio Cezar! Tudo bem?
Sobre a DCTF normal, como a empresa estava inativa, sem movimento, você pode transmiti-la sem a necessidade de certificado digital.
Basta baixar o programa no seu computador, preencher os dados e transmitir apenas a primeira declaração de cada ano, informando que a empresa esteve sem movimento. Isso fará com que as pendências da ECF e da EFD-Contribuições sejam automaticamente eliminadas.
No entanto, será gerada uma multa de R$ 200,00 por cada DCTF normal enviada em atraso. Em muitos casos, essa multa é reduzida para R$ 100,00.
Quanto à GFIP, se você tiver um certificado digital com procuração para esse CNPJ (por exemplo, o certificado do seu escritório), conseguirá transmiti-la normalmente. É importante verificar se haverá multa pela entrega em atraso.
Já a DCTF Web pode ser um desafio maior, pois normalmente exige o certificado digital da empresa. Como o CNPJ já foi baixado, infelizmente, não será possível fazer um certificado para ela.
Então te aconselho, antes de qualquer passo, entrar em contato com a receita federal, através do chat do fale conosco, para verificar como proceder em relação a essa empresa que já foi baixada.
Espero ter ajudado!