Bom dia!
Com base na Lei Complementar cento e vinte e três de dois mil e seis e na Instrução Normativa da Receita Federal número dois mil zero zero e cinco de dois mil e vinte e um, a regularização depende da época e do enquadramento da empresa no período dos débitos.
1. Débitos do Período em que a Empresa era MEI
Onde declarar: As declarações do período de MEI devem ser feitas no Portal do Empreendedor ou no Portal do Simples Nacional.
Como declarar: Utilize a DASN-SIMEI (Declaração Anual do SIMEI) referente aos anos em que esteve enquadrada como MEI. Caso haja pendências mensais, a geração dos débitos e o parcelamento são feitos diretamente na opção "Simei - Serviços" > "Parcelamento" no Portal do Simples Nacional ou no e-CAC da Receita Federal.
2. Transição e Débitos no Lucro Presumido
Exclusão do SIMEI/Simples: A mudança para o Lucro Presumido exige a comunicação da exclusão do SIMEI e do Simples Nacional no Portal do Simples Nacional.
Onde declarar (PGDAS-D x DCTFWeb):PGDAS-D: Se no período de transição a empresa passou primeiro pelo Simples Nacional (como Microempresa ou EPP) antes de ir para o Lucro Presumido, as apurações desse intervalo específico devem ser declaradas no sistema PGDAS-D.
DCTFWeb: A partir do momento em que a empresa passa a vigorar efetivamente no Lucro Presumido, a declaração dos débitos federais (como PIS, COFINS, IRPJ, CSLL e contribuições previdenciárias) é feita via DCTFWeb, gerada após a transmissão da EFD-Reinf e do eSocial no portal e-CAC.
Para fazer a migração sem sobressaltos e garantir que o regime tributário do Lucro Presumido seja aplicado corretamente na data certa, recomendo alinhar as datas exatas dos fatos geradores no portal e-CAC.