Boa tarde, Viviane;
No caso, em relação a emissão do documento fiscal, o mesmo será emitido de acordo com o regime na data da emissão (Lucro presumido);
Porém, com o deferimento retroativo, deverá encaminhar ao cliente para que atualize o cadastro do fornecedor (sua empresa);
Salvo casos onde a emissão incida retenções, de fato, poderá ocorrer a divergência do pagamento e posterior complemento e etc.