Olá Andressa, tudo bem?
Entendo que o fluxo que você seguiu está correto: exclusão da NF na EFD-Reinf, retificação da DCTFWeb e depois pedido de restituição no PER/DCOMP Web.
Com o indeferimento, você pode apresentar Manifestação de Inconformidade no e-CAC, no prazo de 30 dias a contar da ciência da decisão, conforme art. 56 da IN RFB nº 2.055/2021. Antes de recorrer, verifique na conta-corrente fiscal se o crédito do IRPJ já consta como disponível; se não constar, talvez por isso a Receita não tenha aprovado a restituição.
Espero ter ajudado!