Olá, Caio! Tudo bem?
Quando a prestação de serviço do autônomo é para uma PJ, deve ser feito o RPA (e esse rendimento é informado via eSocial). Portanto, não há necessidade de lançar esse valor no carnê-leão.
Sobre a segunda dúvida, é exatamente isso: a empresa deverá disponibilizar o informe de rendimentos, e esses valores serão declarados na ficha de “Rendimentos Tributáveis Recebidos de Pessoa Jurídica”.
Inclusive, esses dados tendem a aparecer na declaração pré-preenchida, já que deveriam ter sido informados corretamente no eSocial.
Espero ter ajudado!