Boa tarde!
Pelo que sei, é comum e geralmente ocorre devido à forma como as distribuidoras apuram esses impostos, que podem sofrer alterações após a emissão da nota, ou devido à exclusão do ICMS da base de cálculo.
A distribuidora de energia, em muitos casos, não utiliza uma alíquota fixa para o PIS/COFINS na nota fiscal, mas sim uma alíquota efetiva que é ajustada mensalmente com base nos créditos (custos) e débitos (vendas) da empresa, seguindo determinações da ANEEL.
O XML pode conter a alíquota "nominal" ou uma regra de cálculo padrão, enquanto a fatura exibe o valor calculado com a alíquota efetiva (geralmente menores que a soma de 1,65% PIS + 7,6% COFINS), gerando a diferença no valor total destacado.
Espero ter ajudado.