Olá João, boa noite.
Veja como funciona a tributação do PIS/Cofins nas diferentes etapas:
O armazém-geral emite uma nota de retorno simbólica (CFOP 6907) para formalizar que a mercadoria voltou ao estoque. Em seguida, o armazém-geral emite uma nota fiscal (CFOP 6923) para o destinatário, destacando o ICMS. Esse ICMS não afeta a base de cálculo do PIS/Cofins.
Quando a empresa emite uma nota fiscal de venda (CFOP 6105), o ICMS destacado nas notas simbólicas não deve ser incluído na base de cálculo do PIS/Cofins. Para calcular o PIS/Cofins corretamente, exclua o valor do ICMS. Use apenas o valor líquido da venda (sem o ICMS) como base de cálculo para o PIS/Cofins.
O Supremo Tribunal Federal (STF) decidiu que o ICMS não deve ser incluído na base de cálculo do PIS/Cofins. Isso está bem claro no Tema nº 69 da Repercussão Geral.
Ao emitir as notas e calcular os tributos, sempre considere o valor da venda sem o ICMS para a base de cálculo do PIS/Cofins. Isso garante que você está seguindo as regras atuais e evitando problemas futuros.
Espero ter ajudado!