Olá Thaís. Bom dia.
Não, o ganho de capital apurado na venda de bens do ativo imobilizado não sofre a incidência de PIS e COFINS no Lucro Presumido.
O Motivo da Não Incidência
O PIS e a COFINS no Lucro Presumido incidem sobre a faturamento da empresa, que compreende a receita bruta das atividades operacionais (ou seja, a venda de bens e serviços que fazem parte do objeto social da empresa).
Como a venda de um bem do ativo imobilizado não é a atividade-fim do negócio, o ganho obtido não entra no conceito de receita bruta para fins de base de cálculo dessas duas contribuições. Esse entendimento é pacificado pela própria Receita Federal (conforme a Instrução Normativa RFB nº 2.121/2022).
Mas atenção: Há tributação de IRPJ e CSLL
Embora você esteja livre de PIS e COFINS nessa operação, o ganho de capital entra na base de cálculo do IRPJ e da CSLL.
Nesse caso, a regra do Lucro Presumido muda: você não aplica aqueles percentuais de presunção (como 8% ou 32%) sobre o valor da venda. O ganho é tributado de forma direta.
"Definição de Ganho de Capital: É a diferença positiva entre o valor de alienação (venda) e o valor contábil do bem (custo de aquisição diminuído da depreciação acumulada até a data da venda)."
As alíquotas incidentes diretamente sobre o ganho de capital são:
IRPJ: 15% (mais o adicional de 10% caso o lucro total da empresa no trimestre supere R$ 60 mil).
CSLL: 9%.
Espero ter ajudado.