Olá Carlos, boa noite.
Os CNAEs que você mencionou parecem ser adequados para a atividade da empresa que você descreveu:
4771-7/03 - Comércio varejista de produtos farmacêuticos homeopáticos
2121-1/03 - Fabricação de medicamentos fitoterápicos para uso humano
Além disso, o CNAE 4729-6/99 - Comércio varejista de produtos alimentícios em geral ou especializado em produtos alimentícios não especificados anteriormente, também pode ser considerado, pois inclui o comércio varejista de produtos naturais e dietéticos.
Quanto à tributação, a Lei Complementar 123 estabelece que a comercialização de medicamentos e produtos magistrais produzidos por manipulação de fórmulas, sob encomenda para entrega posterior ao adquirente, em caráter pessoal, mediante prescrições de profissionais habilitados ou indicação pelo farmacêutico, produzidos no próprio estabelecimento após o atendimento inicial, serão tributados na forma do Anexo III.
Portanto, se a empresa se enquadrar nessa descrição, a tributação será feita de acordo com o Anexo III, independentemente do CNAE escolhido. No entanto, é importante lembrar que a aplicação do Anexo III também depende do cálculo do Fator R, que deve ser igual ou superior a 28%.
Espero ter ajudado!