Olá Fernanda, tudo bem?
Em regra, a responsabilidade principal pelo correto cadastro dos produtos (com NCM, CST, CFOP, etc.) é da empresa, especialmente do setor fiscal ou do responsável pela emissão das notas fiscais. No entanto, a contabilidade — especialmente o setor fiscal do escritório contábil — tem um papel importante de orientação, conferência e validação, pois, cadastros incorretos podem impactar diretamente na apuração de impostos, obrigações acessórias e escrituração fiscal. No entanto, o cadastro inicial e operacional diário costuma ser de responsabilidade do cliente, salvo se o escritório tiver acesso ao sistema de emissão de notas ou integrar esse processo.
Espero ter ajudado.