Olá Adriana
Quando o produto chega ao seu cliente na Bahia, a regra que deve ser observada é a legislação da BA.
Por isso, você só pode usar a base reduzida no DAE da Bahia se a Bahia também reconhecer essa redução. Se não houver previsão no regulamento da BA, o cálculo deve ser feito sobre a base integral da mercadoria.
Espero ter ajudado.