Olá Silvia
Sua cliente não pode emitir nota de entrada “para si mesma” apenas para regularizar mercadorias compradas em CPF. A Nota Fiscal de Entrada só é admitida em situações expressamente previstas, como devoluções, importações, ou compras de pessoa física que não seja contribuinte do ICMS (ex.: compra de produtor rural não inscrito). Fazer isso para “transformar” um documento de CPF em operação com CNPJ seria caracterizado como simulação.
Ela pode vender a mercadoria e emitir NF de saída, mas deve ter em mente que em eventual fiscalização a Receita Estadual pode questionar a origem do estoque (malha do ICMS).
Espero ter ajudado.