Olá Silvia
Uma alternativa é emitir NFC-e de nota de estorno para cada documento duplicado.
Você pode usar o CFOP 5.949 (“outras saídas de mercadorias não especificadas”) ou 5.202 / 6.202 (devolução de venda). E no campo de Informações Complementares mencionar claramente: “Emissão em duplicidade da NFC-e nº XXX, de DD/MM/AAAA. Estorno sem circulação de mercadoria.”
Mas antes de seguir a sugestão, recomendo verificar com a legislação e até mesmo com a Sefaz do Estado se é possível realizar esse procedimento, pois nem todos os estados aceitam NFC-e de devolução para esse tipo de correção.
Espero ter ajudado.