Olá Débora
Se uma ME optante pelo Simples Nacional recebe R$ 3.000,00 da empresa contratante a título de reembolso por uso de carro próprio sem emissão de nota fiscal, esse valor não pode ser tratado informalmente, pois há risco de ser caracterizado como receita omitida, sujeita à tributação pelo Simples, ISS e possíveis autuações.
O procedimento correto é formalizar o reembolso em contrato, com cláusula específica, comprovação documental das despesas (combustível, pedágio, relatórios de uso) e contabilização como reembolso, fora da receita, observando ainda se o município exige nota específica; na ausência dessa formalização, a alternativa mais segura é incluir os R$ 3.000,00 no valor da nota fiscal de serviços, tributando normalmente, eliminando riscos fiscais. Receber valores por fora não é recomendável.
Espero ter ajudado.