Olá Drieli
O saldo negativo de IRPJ só é formalmente constituído após a entrega da ECF do respectivo ano-calendário. Embora o sistema PER/DCOMP permita a transmissão do pedido de restituição antes da ECF, ele permanece em análise até que a escrituração seja entregue e o valor seja validado pela Receita Federal.
Portanto, tecnicamente, o ideal é transmitir o PER/DCOMP somente após a entrega da ECF, pois é ela que confirma oficialmente o crédito. Se houver divergência entre o valor informado no PER/DCOMP e o saldo apurado na ECF, o pedido pode ser objeto de intimação, glosa ou indeferimento.
Espero ter ajudado.