Olá Elaine
Em serviços de engenharia, quando o material é comprado pelo prestador e incorporado à obra, não se trata de venda de mercadoria, mas de serviço com fornecimento de material. Nessa situação, o correto é emitir uma única nota fiscal de serviço, descrevendo claramente a prestação do serviço e discriminando na descrição o valor do serviço e o valor do material aplicado. Não se emite nota de venda separada, salvo se houver venda de material de forma independente, o que não é o caso da maioria das obras. A possibilidade de deduzir o valor do material da base de cálculo do ISS depende da legislação do município, por isso verifique a regra local antes da emissão.
Espero ter ajudado.