Olá Alex
Apesar do efeito retroativo, não existe obrigação automática de declarar pró-labore nos meses em que não houve atividade ou retirada de valores, como no período de janeiro a maio, desde que não tenha havido remuneração ao titular. O pró-labore só é exigível quando há efetiva retirada do sócio como remuneração pelo trabalho.
A partir do momento em que a empresa passa a operar como ME (no caso, de junho em diante, quando ocorreu o excesso de faturamento), o pró-labore deve ser definido e tributado apenas se houver retirada, não sendo necessário “criar” pró-labore retroativo para meses sem movimento. O que é obrigatório é a regularização do enquadramento, da apuração dos tributos e da escrituração contábil conforme o novo regime.
Espero ter ajudado.