Olá Natalia
Não é correto emitir a nota de serviço pelo valor total pago pelo cliente final. O correto é emitir NFS-e apenas sobre a comissão ou taxa de intermediação recebida. O fornecedor, detentor do produto, é quem deve emitir a nota fiscal de venda ao consumidor final.
Mas você mencionou que hoje utiliza o CNAE de promoção de vendas, nesse caso realmente não permite deduzir valores repassados ao fornecedor, pois o faturamento bruto do serviço inclui todo o valor recebido, sem abatimentos. o ideal é ajustar a atividade da empresa.
Espero ter ajudado.