Olá Marcos Igor, tudo bem?
Não existe uma tratativa específica para esses casos, mas é importante entender que, se a Receita Federal considerar os valores recebidos na conta da PJ como receita, eles serão tratados como faturamento da empresa.
Minha orientação é que o cliente evite essa prática de misturar as contas pessoais e da empresa, pois isso fere o Princípio da Entidade, que estabelece que os patrimônios da pessoa física e da pessoa jurídica devem ser mantidos separados e não devem se misturar.
Para a situação atual, uma possível solução é considerar esses valores como um empréstimo do sócio para a empresa. No entanto, lembre-se de que empréstimos devem ter contratos formais, devidamente documentados, e precisam ser devolvidos.
É fundamental regularizar essa prática para evitar problemas fiscais futuros.
Espero ter ajudado!