Boa tarde, Beatriz,
Sim, essa é justamente a solução recomendada para esses casos em que a nota fiscal de venda foi emitida, a mercadoria não chegou a sair do estabelecimento e o prazo de cancelamento já passou, tornando o cancelamento normal inviável.
Como o cancelamento não é mais possível, a forma correta de regularizar a situação é reconhecer, do ponto de vista fiscal, que houve uma devolução da mercadoria, ainda que ela nunca tenha efetivamente saído. Essa devolução deve ser feita por meio de uma nota fiscal de entrada, referenciando a chave de acesso da nota fiscal de venda original e utilizando o CFOP de devolução correspondente ao CFOP usado na nota de saída, com os mesmos itens, quantidades e valores da nota original.
Aqui existe um ponto importante a observar. Quem normalmente deve emitir a nota de devolução é o destinatário, e não quem vendeu, principalmente quando esse destinatário é contribuinte do ICMS e está obrigado a emitir nota fiscal. Nesse caso, o ideal é orientar o cliente a emitir a nota de devolução dele para vocês, referenciando a nota de venda original.
Já quando o destinatário não é contribuinte do ICMS ou não está obrigado a emitir nota fiscal, como é o caso de pessoa física, produtor rural sem inscrição estadual ou empresa não contribuinte, aí sim cabe ao próprio emitente da nota de venda emitir a nota fiscal de entrada para formalizar a devolução. Essa possibilidade está prevista na legislação que trata da devolução de mercadorias, especificamente no Ajuste SINIEF e no Convênio SINIEF que regula esse tipo de operação, mas vale lembrar que cada estado pode ter particularidades no próprio Regulamento do ICMS, então é sempre bom confirmar o procedimento específico junto à SEFAZ do estado envolvido, principalmente quanto ao CFOP a ser utilizado e à necessidade de algum documento complementar.
Do ponto de vista prático, essa nota de entrada vai reverter os efeitos fiscais da operação anterior, como o débito de ICMS gerado na venda, permitindo o respectivo crédito na entrada. A nota fiscal original de venda continua existindo no sistema, já que ela não foi cancelada, mas os seus efeitos econômicos e fiscais são neutralizados pela devolução.
Por fim, é recomendável manter uma documentação interna explicando o que ocorreu, como uma declaração ou justificativa de que a mercadoria não chegou a transitar e de que o prazo de cancelamento já havia expirado. Esse tipo de registro ajuda a comprovar a regularidade da operação caso haja algum questionamento em uma fiscalização futura.