Olá Ana Paula, tudo bem?
Nós temos um curso completo sobre os impactos da Reforma Tributária no Simples Nacional:
Inclusive, tem uma aula específica sobre as escolhas possíveis dentro do Simples com a nova legislação:
Mas respondendo sua dúvida, a empresa não vai pagar em dobro.
Se optar por recolher o IBS e a CBS fora do DAS, o valor do DAS será ajustado, retirando essas parcelas. Nesse caso, o DAS continuará englobando apenas os tributos que não foram substituídos pela reforma, como IRPJ, CSLL e CPP. O IBS e a CBS serão pagos à parte, sem duplicidade.
Espero ter ajudado!