Boa noite!
A prebenda deve ser informada na ECF no Registro Y612, especificamente quando a igreja é imune ou isenta de IRPJ e o pastor se enquadra como dirigente ou gestor.
Embora tenha características próprias e isenção previdenciária patronal, está sujeita à retenção de Imposto de Renda (IRRF) pela igreja, sendo equiparada a rendimentos tributáveis quando ultrapassa o limite de isenção da tabela progressiva.
Quanto ao não envio do E-social, há um risco no cruzamento de dados, se não enviar.
Espero ter ajudado.